Pourquoi le passage à un cahier de laboratoire électronique (ELN) est une bonne idée

La génomique, la protéomique et d'autres technologies "omiques" ont fourni des montagnes de données et des informations sans précédent aux scientifiques du vivant dans les universités, l'industrie et le gouvernement. Bien que puissantes, ces techniques de "big data" ont mis à rude épreuve certaines infrastructures obsolètes, à savoir le cahier de laboratoire en papier, pour l'enregistrement, le stockage, l'analyse et la distribution des informations en laboratoire.

Prendre méthodes de génomiquepar exemple, qui génèrent 10^21 bases par an en données de séquençage et environ 2 à 40 EB (c'est-à-dire un exaoctet ; 1 quintillion ou 10^18 octets) par an qu'il faut stocker. Cette échelle est plus qu'astronomique : si chaque octet mesurait un pouce de long, il irait jusqu'à la lune et reviendrait sur terre plus d'un milliard de fois. Si l'on ajoute à cela les données d'imagerie numérique et d'autres techniques gourmandes en données, la masse de données doit être sûre, sécurisée, facilement accessible et partageable (comme le recommandent les bonnes pratiques scientifiques et comme l'exige la directive sur les de nombreux organismes de financement) devient écrasante. 

Les succès et les défauts des carnets de laboratoire en papier

Malgré la forte dépendance à l'égard des données numériques, le cahier de laboratoire en papier constitue le noyau des données, des métadonnées, de l'analyse des données, des protocoles et des échantillons. La dépendance à l'égard du papier est un obstacle important au progrès scientifique. Les données papier et numériques ne s'intègrent pas de manière transparente. De nombreux chercheurs sont contraints à une existence hybride qui entraîne la perte de données, des problèmes de réplicabilité et de reproductibilité, la non-conformité avec les mandats de partage de données, etc. En fait, les NIH ont indiqué que les problèmes de non-reproductibilité découlent d'un manque d'information de la part des chercheurs. l'absence de méthodes de documentation appropriéesLa plupart d'entre elles sont associées à l'utilisation d'un cahier de laboratoire en papier.

Pourquoi les carnets de laboratoire en papier existent-ils encore ?

Cahiers de laboratoire électroniques (ELN)qui peuvent offrir une solution logicielle pour la prise de notes, le stockage des données et l'organisation des informations, offrent des avantages incroyables par rapport aux cahiers de laboratoire en papier. 

Pourtant, de nombreux chercheurs apprécient la liberté de dessiner à la main des flux de travail ou des structures chimiques, ce qui peut être fait en portant un équipement de protection individuelle (EPI). Il est également nécessaire de apprendre un nouveau logicielqui peut parfois s'avérer compliqué, principalement lorsque son utilisation n'est pas intuitive et que l'expérience de l'utilisateur n'a pas été prise en compte de manière adéquate. En fin de compte, cette situation n'incite guère les entreprises à modifier leurs pratiques de gestion de l'information ou à en adopter de nouvelles.

3 Avantages d'un cahier de laboratoire électronique (ELN)

Cela ne fait aucun doute : Il est difficile de changer des habitudes bien ancrées - même celles qui sont à l'origine d'inefficacités et de pertes de données.

Cependant, les défis actuels en matière de gestion des données auxquels sont confrontés de nombreux laboratoires font obstacle aux avancées scientifiques permises par le big data. 

Les ELN offrent la possibilité d'améliorer le statu quo, en supprimant les carnets de notes papier impermanents et les systèmes de stockage non sécurisés.

Raison d'utiliser un ELN #1 : Promouvoir la reproductibilité

Reproductibilité a toujours été une question importante dans le domaine scientifique. Pourtant, la collecte des données et la complexité des calculs augmentent avec le recours croissant aux big data, à l'analyse bioinformatique et à de nombreux outils logiciels. Avec cela, le potentiel pour des les problèmes de reproductibilité augmente. 

Les ELN permettent de mieux documenter les flux de travail de la recherche, le suivi des révisions et la gestion des données, ce qui aide les autres chercheurs à répéter les expériences à l'avenir, prévient la perte de données et permet un processus d'examen efficace pour toutes les données.

Raison d'utiliser un ELN #2 : Amélioration de l'accessibilité

Avez-vous déjà essayé de feuilleter vos anciennes expériences ou celles de quelqu'un d'autre pour retrouver un protocole ou un ensemble de données essentiel ? Les cahiers de laboratoire en papier sont notoirement difficiles à retrouver. Il peut être fastidieux de passer au peigne fin les anciennes entrées, même s'il existe des index élaborés par l'utilisateur ou une table des matières. 

L'avantage d'un ELN est qu'un utilisateur peut rapidement rechercher des protocoles, des entrées, des échantillons ou des ensembles de données à l'aide de simples requêtes par mots clés, de plages de temps, d'étiquettes de métadonnées ou d'utilisateurs. Il est également facile de réorganiser et de trier les entrées, alors qu'avec un cahier de laboratoire en papier, l'ordre chronologique s'impose. 

Raison #3 : Possibilité de partage instantané

La collaboration et le partenariat font partie de la science ; que l'on travaille avec quelqu'un dans la même baie ou à l'échelle internationale, il est nécessaire de partager des informations essentielles. Avec les cahiers de laboratoire papier, le partage d'informations avec vos collègues est un processus qui prend du temps et qui implique de localiser et de numériser les entrées applicables.

Les ELN offrent une alternative attrayante, en facilitant le partage de l'information, à la manière d'un Google Doc. Les autorisations de consultation et de modification peuvent être accordées instantanément pour les entrées, les protocoles et les ensembles de données, quelle que soit la situation géographique. 

Les avantages des cahiers de laboratoire électroniques

Les ELN offrent de nombreux autres avantages qui peuvent transformer les opérations de laboratoire et accroître la productivité. 

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